Comprometido com a melhoria contínua de seus processos e produtos, o IBMP é orientado por um Sistema de Gestão da Qualidade (SGQ) que garante a execução das Boas Práticas de Fabricação de produtos médicos e diagnóstico in vitro, recomendadas pela Agência Nacional de Vigilância Sanitária (Anvisa).

Desde 2009, o IBMP possui o Certificado de Qualidade em Biossegurança junto à Comissão Técnica Nacional de Biossegurança (CTNBio). O certificado valida as áreas do Instituto destinadas à manipulação de micro-organismos geneticamente modificados (OGMs) e os procedimentos adotados em termos de segurança e descarte de resíduos.

Em 2011, o IBMP recebeu certificação pela Anvisa em Boas Práticas de Fabricação e foi qualificado como fornecedor oficial de Bio-Manguinhos/Fiocruz. Periodicamente, os processos do IBMP são avaliados por diferentes equipes auditoras, para fins de manutenção da condição de atendimento aos critérios de Qualidade.